南宋推崇程、朱理学，元代以后历代王朝倡兴理学。理学家重视对理欲、心物、义利、道德、天人及其关系的逻辑论证，著述宏富，提升了徽州文化的理性思维，培养了深厚的理性主义传统。 朱熹提出了“天理”、“气”、“格物致知”、“知行为一”等一系列重要思想范畴。他认为“理”是至高和包罗一切的，故称“理学”。他所说的“理”，实际上指封建伦理纲常。而且认为“理”是永恒存在的，企图使封建伦理永恒化。他还认为理和气不能相离，在哲学上发展了二程关于理气关系的学说。

　　朱熹广收弟子，亲自讲学，门生遍布各地，有学术成就、政治建树者颇多，这使朱熹学派成为理学史上最有势力的学派。他曾三度回徽省亲，每次逗留数月，所以徽州从其学者甚众。程朱理学成为徽州正统的学术思想，徽州学者对程朱理学更是信奉不移。

　　新安理学的发展，经历了四个时期：1、南宋是新安理学的形成时期。当时，徽州从朱熹之学者甚众，新安理学家环护在朱熹周围，精研性命义理之学，发明“四书”、“五经”之奥义，确立了阐发朱子之学的学派宗旨。2、元代是新安理学的发展时期。这一时期的新安理学家主要在朱子之学晦暗难明、解说有异的情况下，致力于排斥“异论”，阐明朱子之学本旨，以维护朱子之学的纯洁性。3、元末明初是新安理学的鼎盛时期。学子们不满一味地墨守成规，认为元代新安理学家死抱师门成说，层次太低，不利于发扬光大朱子之学，于是提出了“求真是之归”的口号，即要求真正明白朱子之学的真谛，而不是去人云亦云，附声唱和，因此出现了朱升旁注诸经。郑玉、赵（汸）在“和会朱陆”中尚能把握住分寸，从而体现了“右朱”的学术倾向。4、但后学者如潘士藻、程文德等人在明中后期“王（阳明）学”铺天盖地而来的形势下，背离了本门宗旨，滑向“王学”阵营，致使明中后期的新安理学寂然无声，萎靡不振。